Si dice che Dogen fu il padre dello Zen e il suo successore Keizan Jokin (1268-1325) la madre. A lui si deve infatti il merito di aver ordinato gli insegnamenti di Dogen, secondo una struttura ancora più vicina alla mentalità nipponica, dando un’identità più nitida, così come noi la conosciamo, allo Zen Soto. Lo Zen cominciò a diffondersi per il Giappone e spesso i governanti avevano come consiglieri dei monaci Zen. Ishan Yinin (Issan Ichinei 1247-1317), monaco cinese Chan rifugiatosi in Giappone, portò la sua profonda conoscenza della filosofia neoconfuciana che ispirò alla classe militare nuovi modello di governo.
Il maestro Muso Soseki (1275-1351) suggerì allo Shogun Ashikaga Takauji, la costruzione di un tempio Zen in ognuna delle 66 provincie, e lo Zen Rinzai diventò la religione ufficiale.